Ла-Нинья является полной противоположностью Эль-Ниньо и поэтому чаще всего выступает вместе с Эль-Ниньо. При возникновении феномена Ла-Нинья охлаждается вода на поверхности в экваториальном регионе восточной части Тихого океана. В этом регионе находился вызванный Эль-Ниньо к жизни язык теплой воды. Охлаждение происходит вследствие большой разницы в атмосферном давлении между Южной Америкой и Индонезией. Из-за этого усиливаются пассаты, что связано с южной осцилляцией (ЮО), они перегоняют большое количество воды на запад.  
Таким образом, в областях подъемной силы у берегов Южной Америки холодная вода поднимается на поверхность. Температура воды может понизиться  до 24°C, т.е. на 3°C ниже, чем средняя температура воды в этом регионе. Полгода назад температура воды там достигала 32°C, что было вызвано воздействием Эль-Ниньо.

В общем, при наступлении Ла-Нинья можно сказать, что усиливаются типичные климатические условия в данной местности. Для юго-восточной Азии это означает, что привычные сильные дожди вызывают похолодание. Этих дождей сильно ждут после недавнего засушливого периода. Долгая засуха в конце 1997 – начале 1998 года стала причиной сильных лесных пожаров, из-за которых над Индонезией распространилось облако смога.   

А в Южной Америке, напротив, уже не расцветают цветы в пустыне, как это было во время Эль-Ниньо в 1997-98 году. Вместо этого опять начинается очень сильная засуха. Другим примером является возвращение теплой и жаркой погоды в Калифорнию. Наряду с положительными последствиями Ла-Нинья существуют и негативные последствия. Так, например, в Северной Америке увеличивается количество ураганов по сравнению с годом Эль-Ниньо. Если сравнить две климатические аномалии, то во время действия Ла-Нинья происходит гораздо меньше природных катастроф, чем во время Эль-Ниньо, поэтому Ла-Нинья – сестра Эль-Ниньо – не выходит из тени своего «брата» и ее гораздо меньше опасаются, чем ее родственника. 

Последнее сильное проявление Ла-Нинья произошли в 1995-96, 1988-89 и 1975-76 годах. При этом нужно сказать, что проявление Ла-Нинья могут быть по силе совершенно разными. Проявление Ла-Нинья существенно уменьшилось в последние десятилетия. Раньше «брат» и «сестра» выступали с равной силой, но в последние десятилетия Эль-Ниньо набрал силу и приносит гораздо больше разрушений и ущерба. 
Такой сдвиг в силе проявления вызван, по мнению исследователей, влиянием парникового эффекта. Но это только предположение, которое до сих пор не доказано.