Кафедра физики моря создана на физическом факультете МГУ им. М.В. Ломоносова в 1943 году в составе вновь организованного геофизического отделения по инициативе академика В.В. Шулейкина и член-корреспондента АН СССР А.С. Предводителева. Необходимость обучения геофизиков на основе университетской физико-математической подготовки диктовалась требованиями практики.

Первым заведующим кафедрой физики моря был академик Василий Владимирович Шулейкин. В.В. Шулейкин проявлял большую заботу о своих подопечных. Он пригласил их посещать научные семинары Морской гидрофизической лаборатории АН СССР, которую он возглавлял в то время. Вскоре были предложены темы дипломных работ. Первыми руководителями дипломных проектов были: В. В. Шулейкин, А. Г. Колесников, С. В. Доброклонский и А. А. Померанцев. К работе со студентами были привлечены сотрудники Морской гидрофизической лаборатории А. М. Гусев и Л. Г. Лебедкина. Природной базой для работы над дипломами послужил большой пруд в Царицыне, где проводилась и первая учебная практика. С момента зарождения кафедры возникло тесное взаимодействие с ведущими научными учреждениями Академии наук. Эта традиция, заложенная академиком В.В. Шулейкиным, и развитая А.Г. Колесниковым, сохраняется в наши дни.

В.В. Шулейкин читал лекции по оптике моря и физическим корням погоды и климата. Термику моря читал профессор А. Г. Колесников, динамику моря - доцент С.В. Доброклонский, океанографию - А.М. Гусев.