Климатический феномен Эль-Ниньо со всеми своими проявлениями в различных частях света является сложно функционирующим механизмом. Особенно нужно подчеркнуть, что взаимодействие между океаном и атмосферой вызывает ряд процессов, которые в дальнейшем несут ответственность за возникновение Эль-Ниньо.   

Условия, при которых может возникнуть феномен Эль-Ниньо, еще не до конца изучены. Можно сказать, что Эль-Ниньо является глобально воздействующим климатическим феноменом не только в научном смысле этого слова, но и имеет большое влияние на мировую экономику. Эль-Ниньо значительно влияет на повседневную жизнь людей в бассейне Тихого океана, многие люди могут пострадать или из-за внезапно начавшихся дождей, или из-за затянувшейся засухи.
Эль-Ниньо влияет не только на людей, но и на животный мир. Так у берегов Перу во время периода Эль-Ниньо практически сходит на нет ловля анчоусов.  Это происходит потому, что анчоусы еще раньше были выловлены многочисленными рыболовными флотилиями, и достаточно небольшого отрицательного импульса, чтобы и без того шаткая система вышла из равновесия. Такое воздействие Эль-Ниньо имеет самое разрушающее влияние на пищевую цепь, в которую включены все животные.

Если рассмотреть наряду с негативным воздействием Эль-Ниньо и позитивные изменения, то можно установить, что Эль-Ниньо имеет и свои положительные стороны.
В качестве примера положительного воздействия Эль-Ниньо нужно упомянуть рост числа ракушек у берегов Перу, которые позволяют выжить рыбакам в тяжелые годы. 

Другим положительным эффектом от Эль-Ниньо является уменьшение числа ураганов в Северной Америке, что, конечно же, очень кстати для живущих там людей. В противоположность этому, в других регионах в годы Эль-Ниньо количество ураганов увеличивается. Это частично те регионы, где обычно подобные природные катастрофы происходят достаточно редко. 
Наряду с воздействием Эль-Ниньо исследователей интересует вопрос, в какой мере человек влияет на эту климатическую аномалию. На этот вопрос у исследователей есть разные мнения. Известные исследователи предполагают, что в будущем парниковый эффект будет играть важную роль в погоде. Другие считают, что подобный сценарий развития события невозможен. Но так как на настоящий момент нельзя дать однозначный ответ на этот вопрос, то вопрос еще считается открытым.   

Рассматривая Эль-Ниньо в 1997-98 году, нельзя сказать, что это было самое сильное проявление феномена Эль-Ниньо, как предполагалось ранее. В средствах массовой информации незадолго до наступления Эль-Ниньо в 1997-98 году предстоящий период был назван «Супер-Эль-Ниньо». Но эти предположения не оправдались, так что Эль-Ниньо в 1982-83 годах можно считать самым сильным проявлением аномалии до сегодняшего времени.